Après la disparition mystérieuse de son père lors de fouilles archéologiques, la jeune Molly, en jouant avec la dernière découverte de son père, libère les Zarbi, étranges Pokémons en forme de lettres provenant d'une autre dimension.
Les Zarbi exaucent le souhait de la jeune fille en lui donnant un père en la personne d'Entei, son Pokèmon préféré.
Mais les choses dégénèrent quand les Zarbi provoquent la cristallisation de la maison de Molly et de la ville de Greenfields. Et quand Entei kidnappe la mère de Sacha, ce dernier, accompagné de ses amis décide de pénétrer dans la maison de Molly, devenue tour de cristal pour la délivrer.